L’Etablissement public de sécurité ferroviaire (EPSF) a estimé début mai que « le niveau de sécurité est bon sur le réseau. Il est resté stable en 2009 par rapport à l’année précédente ». Si certains incidents inquiétants ont été plus nombreux en 2009, comme les incendies de matériels roulants ou des problèmes de chauffage d’essieux, d’autres tendent à diminuer : il y a eu moins de franchissements de signaux d’arrêt et moins d’incidents liés à l’état du réseau, preuve que la politique de régénération du réseau amorcée en 2009 commence à faire sentir ses premiers effets. S’agissant des accidents de personnes, l’organisme déplore une trentaine de morts sur les voies l’année dernière et neuf voyageurs tués, des accidents qui s’expliquent quasiment tous par des comportements imprudents.