La gare de Viotte sera reliée à la gare de Besançon-TGV par navettes. A Besançon, la gare Viotte sera reliée par navettes à la nouvelle gare Besançon-Franche-Comté-TGV desservie par la LGV Rhin-Rhône. C’est cette navette qui entraîne une refonte globale de l’organisation de la gare Viotte. SNCF et RFF vont profiter des travaux pour mettre en place un meilleur accès aux personnes à mobilité réduite. La gare Viotte se verra également doté d’un nouveau poste informatisé. De son côté, la municipalité devra prendre en compte l’arrivée du tramway (dont le projet a pris du retard car il doit être à nouveau validé par l’Etat), une modification du réseau des bus Ginko et des autocars. Le projet prévoit également tous les modes de circulation permettant de nouveaux accès à la gare (piétons, cyclistes, personnes à mobilité réduite, taxis, véhicules particuliers…). S’ajouteront de nouvelles possibilités de stationnement longue durée, au nord de la gare (le parking souterrain actuel devant être supprimé en 2012), une possibilité d’arrêt et de dépose-minute et un service d’autopartage. Un aménagement urbain et métropolitain avec la création de nouveaux quartiers à la place des entrepôts Sernam et Pomona pourrait accueillir de multiples activités (y travailler, vivre et commercer) sur une surface totale d’environ 5 ha. « Du tertiaire et un peu d’habitation », a annoncé Michel Loyat, adjoint à l’urbanisme de Besançon. Des projets plus aboutis, et en particulier les aménagements des zones Sernam et Pomona, devraient être présentés au public avant la fin de l’année. L’architecte responsable du projet a indiqué vouloir réaliser un quartier exemplaire en matière de développement durable, mais aussi dans le plus grand respect des habitants des environs. Pour le maire de Besançon, Jean-Louis Fousseret, l’ensemble de ces aménagements devraient voir le jour avant 2014, élections municipales obligent.